Výskumná činnosť katedry je zameraná na nasledovné oblasti:

• Pôdnu mikrobiológiu so zameraním na chemickú a biologickú charakteristiku poľnohospodársky využívaných  pôd.
• Mykologickú kontamináciu potravín, krmív a prostredia so zameraním na mykologické vyšetrenie rastlinných produktov (predovšetkým obilnín), kŕmnych zmesí a ich komponentov.
• Mikroflóru tráviaceho traktu živočíchov a živočíšnych produktov.