Botanický ústav realizuje základný výskum v oblasti systematickej botaniky, geobotaniky a fyziológie rastlín.

Ústav je zapojený do širokej medzinárodnej spolupráce zahŕňajúcej bilaterálne a multilaterálne projekty a projekty Európskeho spoločenstva. Podieľa sa na spracúvaní medzinárodných projektov Flora Europaea, Atlas Flora Europaeae, Prehľad vegetácie Európy, Vegetačná mapa Európy.

Vydáva časopisy Biologia - section Botany a Bulletin Slovenskej botanickej spoločnosti.

Organizačnú štruktúru tvoria Oddelenie fyziológie rastlín, Oddelenie nižších rastlín, Oddelenie taxonómie vyšších rastlín, Oddelenie geobotaniky, Detašované pracovisko Botanického ústavu v Banskej Bystrici, Detašované pracovisko Botanického ústavu vo Zvolene a Detašované pracovisko Botanického ústavu v Nitre.

V prípade záujmu o spoluprácu, kontaktujte Kanceláriu pre transfer technológií, poznatkov a ochranu duševného vlastníctva Slovenskej akadémie vied.