Najväcším prínosom v rozvoji vedy a výskumu majú fakultné projekty a projekty grantových agentúr.

Okrem toho pedagógovia fakulty rozvíjajú vedecko-výskumné aktivity, ktoré ešte nie sú formulované do výskumných zámerov a projektov. Osobitné miesto vo vede a výskume zohráva Centrum spirituality Východ - Západ Michala Lacka SJ, ktoré uskutočňuje základný výskum v oblasti ekumenickej teológie, s osobitným zameraním na oblasť vzťahov s Východnými cirkvami. Katedry fakulty a vedecko-výskumné pracovisko sa podieľajú na riešení nasledujúcich projektov: Stručný teologický slovník, Komentár ku Svätému písmu, Obsahová integrácia a diverzifikácia vysokoškolského štúdia, Cyrilská rukopisná spisba na Slovensku, Staroveká kresťanská knižnica, Grécko-slovenský slovník od Homéra po kresťanských autorov, Kresťanské korene zjednotenej Európy.

Organizačnú štruktúru fakulty tvoria Katedra kresťanskej filozofie, Katedra biblických a historických vied, Katedra systematickej teológie, Katedra pastorálnej teológie, liturgiky a kánonického práva, Katedra náuky o rodine.