Vzdelávanie na fakulte je spojené s tvorivo-filozofickým a vedeckým poznaním v oblastiach prednášaných disciplín a im príbuzným oblastiam vedy a školskej praxe.

Osobitnou úlohou fakulty je predovšetkým starať sa o vedeckú a teologickú prípravu tých, ktorí smerujú ku kňazstvu alebo sa pripravujú na rozličné cirkevné i spoločenské služby. Súčasťou výskumnej činnosti fakulty sú aj projekty ako napríklad Kresťanské cirkvi v post-komunistickom Slovensku: súčasné výzvy a príležitosti či Personalizmus v procese humanizácie ľudskej spoločnosti. Štruktúru fakulty tvoria Katedra filozofie a religionistiky, Katedra systematickej teológie, Katedra historických vied, Katedra aplikovanej edukológie.