Katedra špeciálnej pedagogiky sa vo vede a výskume zameriava najmä na: špeciálnu edukáciu žiakov s mentálnym postihnutím a psychosociálnym narušením, edukáciu žiakov zo sociálne znevýhodneného prostredia, integráciu a inklúziu detí/ žiakov so špeciálnymi výchovno-vzdelávacími potrebami, skúmanie kvality edukačného a reedukačného prostredia deťmi v špeciálnych výchovných zariadeniach, špeciálnu didaktiku slovenského jazyka a literatúry, rómsku literatúru a jej využitie v multikultúrnej a emocionálnej výchove, na tvorbu podporných elektronických kurzov v Moodle, diagnostiku pracovných zručností osôb, kvalitu života, výchovnú rehabilitáciu, výchovu k manželstvu a rodičovstvu, sexuálnu výchovu osôb s mentálnym postihnutím, výchovu, vzdelávanie a kvalitu života žiakov s ťažkým a hlbokým stupňom mentálneho postihnutia a s poruchami autistického spektra, etiku a etické dilemy, psychologické dimenzie kvality života pacientov s Parkinsonovou chorobou a psychologických aspektov ohrozeného dieťaťa, patopsychológiu osôb s mentálnym postihnutím a psychosociálnym narušením.

Súčasťou výskumnej činnosti katedry je aj riešenie vedeckých projektov ako napr.  Interdisciplinárne koncipovanie a aplikovanie edukačných programov pre deti s problémovým správaním, Účinnosť špecifických pohybových reedukačných postupov na korekciu hyperkinetických porúch detí mladšieho školského veku či Svetová literatúra pre deti a mládež v slovenskom preklade po roku 1960.

Katedra vydáva časopis Špeciálny pedagóg : časopis pre špeciálnopedagogickú teóriu a prax.