Ústav je vo svojej vedecko-výskumnej činnosti zameraný na štúdium toxického vplyvu niektorých priemyselne pripravených uhlíkových nanočastíc a vybraných pesticídov používaných v poľnohospodárstve na prirodzené mikrobiálne ekosystémy.

Sleduje sa vplyv týchto látok na mikrobiálnu biodiverzitu pôdneho a bachorového ekosystému a tiež ich vplyv na hladiny antioxidačných a detoxikačných enzýmov vybraných druhov pôdnych a bachorových baktérií a prvokov. Dlhodobým cieľom výskumu je posúdenie možného vplyvu nanočastíc na prirodzené mikrobiálne ekosystémy a prostredníctvom nich aj na zdravie ľudí (nano-eko-toxikológia). Ďalšou rozvíjanou oblasťou je sledovanie zmien vo vlastnostiach potravín spôsobených Maillardovými reakciami.

Súčasťou výskumnej činnosti ústavu je aj riešenie vedeckých projektov ako Bezpečnosť a kvalita potravového reťazca z pohľadu chémie potravín.