Ústav vznikol v roku 1959.

Jeho oddelenia sú detašované pracoviská - Oddelenie informatiky, Detašované pracovisko Matematického ústavu v Košiciach a Inštitút matematiky a informatiky a Univerzity Mateja Bela v Banskej Bystrici.

Základný výskum ústavu je zameraný na riešenie úloh v oblasti algebraických a topologických štruktúr, teórie čísel, matematickej logiky, kvantových štruktúr, funkcionálnej, harmonickej a stochastickej analýzy, matematickej štatistiky, teórie grafov, diferenciálnych rovníc, výpočtovej zložitosti a teoretických aspektov programovacích jazykov, automatov a výpočtových systémov.

Ústav je vydavateľom dvoch medzinárodných vedeckých časopisov: Mathematica Slovaca a Tatra Mountains Mathematical Publications, a je sídlom Slovenskej pobočky zahraničného časopisu Zentralblatt Math, Springer.

Na medzinárodnej úrovni sa ústav zaoberá dvoma projektmi: Eurogiga - Geometrické reprezentácie a symetrie grafov, máp a iných diskrétnych štruktúr s aplikáciami vo vede a Teória čísel, algebra a kryptológia.

V prípade záujmu o spoluprácu, kontaktujte Kanceláriu pre transfer technológií, poznatkov a ochranu duševného vlastníctva Slovenskej akadémie vied.