Ústav zoológie vznikol v roku 1990.

Zameriava sa na štúdium, analýzu a interpretáciu poznatkov z oblasti taxonómie, chorológie, ekológie, etológie, fyziológie živočíchov, ekosozológie, parazitológie a problematiky vybraných zoonóz. Kladie dôraz na aplikáciu dosiahnutých výsledkov základného výskumu v ochrane prírody, poľnohospodárstve, lesníctve a zdravotníctve.

Súčasťou výskumu sú národné aj medzinárodné projekty, napr. EDENext - Biológia a kontrola vektormi prenášaných infekcií v Európe, Molekulárna fyziológia epitracheálneho endokrinného systému.

Vydáva časopisy Entomological problems a Biologia - section Zoology.

Organizačnú štruktúru tvoria oddelenia - Ekológia živočíchov, Medicínska zoológia a Molekulárna a aplikovaná zoológia.

V prípade záujmu o spoluprácu, kontaktujte Kanceláriu pre transfer technológií, poznatkov a ochranu duševného vlastníctva Slovenskej akadémie vied.