Organizačnú štruktúru ústavu tvoria Oddelenie organickej chémie, Oddelenie organickej technológie a Oddelenie technológie ropy a petrochémie.

V pedagogike aj vo výskume sa ústav zameriava na prudko sa rozvíjajúcu oblasť organických výrob, od teoretického poňatia problematiky, cez bohatú laboratórnu techniku a analýzu, až po priemyselnú realizáciu a projektovanie. Hlavnými prúdmi záujmu sú: stereošpecifické synézy a chirálne zlúčeniny, chémia prírodných látok a liečív, výskum priemyselných chemikálií s hlavným akcentom na moderné katalytické systémy, chemické špeciality (tzv. fine chemistry – antioxidanty, farbivá...), ropárske, rafinérske technológie a pridružené výroby na hlboké spracovanie ropných produktov.